O Comando de Órgãos Especiais (COE) teve sua origem em 22 de fevereiro de 2002, através do Decreto Estadual 41.427, e foi instalado oficialmente em 25 de março de 2002, junto ao QCG. O COE, subordinado ao Comando-Geral, é o responsável pelo planejamento, controle e fiscalização das atividades técnicas e administrativo-operacionais dos OPM Especiais (Art. 22 do Dec 42.871/2004). Na sua estrutura possui como subordinados os seguintes batalhões:

Batalhão de Operações Especiais (BOPE);

Presídio de Polícia Militar (PPM);

Grupamento de Apoio à Fiscalização Fazendária (GAFF);

Grupamento de Supervisão de Vigilância e Guardas (GSVG).